Z drugiej strony, już od początku rządów NSDAP nastąpiło wzmożone wydzielanie, separowanie, a także eliminacja osób i grup społecznych uznanych za małowartościowe (niem. minderwertig) - np. ludzi obciążonych chorobą dziedziczną, upośledzonych psychicznie i fizycznie, lecz także społecznie niezaradnych, homoseksualistów, prostytutki, jak również osoby niemile widziane pod względem politycznym. W tym zakresie swoje zadania wypełniała także służba zdrowia, opieka społeczna. Celem oddzielania od reszty społeczeństwa już od 1933 tworzono obozy koncentracyjne, w których osadzano osoby nieprzydatne lub wrogie Rzeszy. Umieszczenie w obozie lub zakładzie następowało na zasadzie aresztu ochronnego (niem. Schutzhaft). Tworzone były także "kolonie dla aspołecznych", gdzie umieszczano osoby uznane za "sprzecznych wobec wspólnoty". Opócz separowania prowadzono także mordowanie osób uznanych za nieprzydatne i zbędne - działalność tę nazywano cynicznie mianem "eutanazji". Szczególnym programem fizycznej eliminacji ludzi upośledzonych była Akcja T4.
